Los emails de los dominios se almacenan en la carpeta «/home/[usuario]/mail/[dominio]», dentro de ésta, existen 3 carpetas:
Entonces los emails antiguos deben ser eliminados de la carpeta «cur». El comando necesario para esto es:
find /home/[usuario]/mail/[dominio]/*/cur -type f -mtime +[dias] -exec rm -f {} \;
Con el comando anterior se localizan y eliminan los emails mas antiguos que [dias].
Referencias: